Tıbbi Biyokimya 1-2 (BYKM102)

Ders Oturumu 8

"Petid bağı ve proteinlerin yapısı"

Prof. Dr. Sevil Kurban (2 ders saati)

Ders özeti

Birincil yapı: bir proteindeki amino asitlerin dizilişidir. İkincil yapı: hidrojen bağları ile kararlı kılınan, genellikle düzenli tekrarlanan yerel yapılardır. Bunların en yaygın örnekleri alfa sarmalı (alpha helix) ve beta yaprağıdır (beta sheet). Bir proteinin içinde farklı ikincil yapılara sahip pek çok bölge olabilir. Üçüncül yapı: tek bir proteinin tamamının şekli, ikincil yapı-ların birbirleriyle olan uzaysal ilişkisi. Üçüncül yapı genelde en yaygın olarak bir hidrofobik çekirdeğin oluşmasıyla olur ama tuz köprüleri, hidrojen bağları, disülfit bağları ve hatta translasyon sonrası değişimler (post-translational modifica-tions) de olur. Dördüncül yapı: Birden fazla protein molekülünün birbiriye etkileşmesiyle oluşan yapıdır. Kısmi çift bağ karakterindedir (tek bağ ile çizilmesine karşın) proteinlerin birincil yapısını oluşturan ve özel bir bağ olan peptid bağı kendi başına 2 rezonans yapının bir hibrididir (biri çift bağ). C-N atomları arasındaki mesafe normalde görülen tek bağ mesafesinden daha kısadır. Primer yapıda birbirine yakın (genellikle) olan AAlerin, molekül içindeki düzenli ya da düzensiz ilişkileri sonucunda sekonder yapı oluşur. en çok alfa heliks ve beta kırmalı tabaka görürülür. sekonder yapı hidrojen bağları ile stabilize edilir. “Tersiyer” yapı hem bölgelerin katlanmasını hem de bölgelerin polipeptid içindeki son düzenini ifade eder. Hidrofobik yan zincirler iç kısımda gömülü iken hidrofilik yan zincirler dış kısımdadır. Bölgeler polipeptidlerin temel fonksiyonel ve üç boyutlu yapısal birimleridir. Bölgelerin çekirdeği süpersekonder yapısal elemanların bir kombinasyonundan mg. Her bölge polipeptid zincirindeki diğer bölgelerden göreceli (aslında bağlı) yapısal olarak bağımsız küçük bir protein özelliğine sahip olabilir—domen. Primer, sekonder ve tersiyer yapıları bulunan polipeptid zincirlerini (birden fazla) n non-kovalent bağlarla bir arada tutulmas ile kuarterner yapı oluşur.

Öğrenme hedefi: proteinlerin birincil yapısını oluşturan ve özel bir bağ olan peptid bağı yapısı ve özellikleri ile proteinlerin sekonder, tersiyer ve quarterner yapılarının öğrenilmesi

Ders konusu ile ilgili semptomlar (UÇEP Dikey entegrasyonu):